Zhymabek_Roman, программа пытается найти odex файлы, потому что в конфигах нет dex. Извлеките, и декомпилируйте только base.apk. Устанавливайте потом с подписью всех частей. Либо декомпилируйте только ресурсы, если Вам не нужны smali. Либо объедините сплит в целый apk, и после этого работайте с ним. Все зависит от конкретных целей.