В принципе титаниум хорошо справляется с удалением системных прог, специально это проверял, но для правильного удаления в нем нужно сделать два движения, первое, понятно надо нажать удалить ненужную вам системную прогу, при этом действии удаляется системная прога из каталогов system/app и data/data и второе последнее в меню опции нужно нажать очистка dalvik кеша, если второе не сделать dalvik кеш остается в каталоге data/dalvik cashe, и будет там болтаться всегда, (если конечно хр не сделаете, при хр он понятно удалиться, но как говорится зачем такие сложности), так что в итоге два действия и система почищена хвостов не останется. (dred78)

Есть ещё способ "правильного" удаления программ. Иногда просто нужно перенести приложения из /system/app в /data/app, проверить разрешения, перезагрузить аппарат и удалить как простое приложение. Не со всеми программами прокатывает, не уверен, что такой способ вообще возможен на одексированных прошивках. Но тем не менее, там, где эта процедура удалась - точно трутся все хвосты. Далее, после удаления системных программ способом из шапки не поленитесь зайти в рекавери или его аналог и произвести вайп кешей (но не вайп данных/полный сброс!). И последнее, касаемо кастомов в .zip формате Лучший способ удалить программы - не ставить их). Удаляйте программы в дистрибутиве прошивки прям из зип архива. Но и тут нюанс: нужно отключить проверку подписи при прошивке аппарата. Иначе не получится прошиться. (Bell071)